В настоящее время в музее представлены следующие экспозиции: «Природа», «История освоения Приамурья русскими с середины XVII до начала XX века», «Археология», «Гражданская война на Дальнем Востоке», «ЕАО в годы Великой Отечественной войны», «История образования ЕАО», «Современная история ЕАО». Недавно была обновлена экспозиция, посвященная современным социальным и культурным изменениям в Еврейской автономной области, введены новые интерактивные элементы и мультимедийные презентации.
В музее действует зал «Предметы культа иудаики», основанный на коллекции, переданной музею раввином из Израиля Довом Эдельштейном. С момента его открытия этот зал стал важной частью культурной жизни региона, привлекая внимание как местных жителей, так и туристов.